در سال ١٣٨٢ پس از تکميل ساختمان اوليه با توسط موسسه ، اين بيمارستان طي تفاهم نامه اي بين دانشگاه علوم پزشکي مشهد و موسسه خيريه خاتم الانبياء(ص) به مديريت حاج آقاي هاتفي بیمارستان خاتم الانبیاء در اختيار دانشگاه علوم پزشکي مشهد قرار گرفت که اين دانشگاه پس از استقرار کليه اعضاي هيئت علمي گروه چشم پزشکي و تامين کادر درماني و اداري و تجهيز نمودن بيمارستان اقدام به راه اندازي آن نمود . و اين بيمارستان تنها مرکز تخصصي چشم پزشکي در شرق کشور گرديد و با توجه به ارائه خدمات با کيفيت بالا و هزينه هاي پائين برابر تعرفه هاي وزارت بهداشت و درمان آموزش پزشکي و از طرفي حمايت مالي از بيماران نيازمند موجب گرديد که با استقبال چشمگير بيماران در سرتا سر استان خراسان و ساير استانها مواجه گردد . اين استقبال بي نظير سبب شد مسئول محترم موسسه خيريه خاتم الانبياء(ص) ساخت و ساز فاز دوم بيمارستان را در سال ١٣٨۴ با زير بناي حدود ٨۵۰۰ متر مربع شروع نمايد . ( ساختمان اولیه بیمارستان زير بناي حدود ۵۰۰۰متر مربع داشت. اميد است با اتمام اين مرحله شاهد افزايش بخشهاي بستري ، افزايش اتاقهاي عمل و درمانگاههاي تخصصي و بهبود خدمت رساني به بيماران عزيز اين خطّه باشيم .

بیمارستان خاتم الانبیاء با حضور اساتید و جراحان چشم پزشکی که از نظر جایگاه علمی و بالینی شناخته شده هستند و با استفاده از تجهیزات، امکانات و اتاق های عمل پیشرفته، با ارائه انواع درمان ها و انجام پیچیده ترین عمل های جراحی چشم مورد تحسین جامعه چشم پزشکی ایران و جهان قرار گرفته است؛

سایر کادر درمان و پشتیبان بیمارستان نیز کوشیده اند تا همطراز با استانداردهای جهانی و بین‌المللی بتوانند بهترین و با کیفیت ترین خدمات را به مراجعه کنندگان عزیز ارائه دهند.